საგარეჯოს მუნიციპალიტეტი  აღმოსავლეთ საქართველოში, კახეთის მხარეში მდებარეობს.

       მუნიციპალიტეტის რელიეფი ზღვის დონიდან 460 მ-იდან 1,800 მ-ის ფარგლებში იცვლება. კლიმატი ზონალობის მიხედვით იცვლება. დაბალ ზონაში ზომიერად თბილი სტეპური ჰავაა გაბატონებული, ხოლო შედარებით მაღალ ზონაში ზომიერად ნოტიო. ჰაერის საშუალო წლიური ტემპერატურაა 11 °C-12 °C, ნალექების საშუალო წლიური მოცულობა კი 700-860 მმ. ნალექების მაქსიმუმი მოდის გაზაფხულზე და ზაფხულის დასაწყისში.

       საგარეჯოს მუნიციპალიტეტის  ფლორა და ფაუნა საკმაოდ მრავალფეროვანია. გომბორის ქედის ტყეებში ბინადრობენ   შველი და მურა დათვი. თითქმის ყველგან გვხვდება კურდღელი, მგელი, მაჩვი, კვერნა, მელა, ტურა, დედოფალა; მცირე რაოდენობით არის ლელიანის კატა და ზოლებიანი აფთარი. ორნითოფაუნას ქმნიან ხოხობი, გარეული მტრედი, მწყერი, კაჭკაჭი, კვირიონი, ყვავი და სხვ. მდინარე იორში მოიპოვება ქაშაპი, მტკვრის ტობი, გველანა, ფრიტა, ხრამული, მურწა და სხვა სახეობის თევზი. რაც შეეხება ფლორას, მუნიციპალიტეტის ტერიტორიაზე ხარობს სოსნოვსკის ფიჭვი, იგი ქმნის ხევნარებს ფიჭვნარ-რცხილნარს, ფიჭვნარ-არყნარს, ფიჭვნარ-წიფლნარსა და სხვ. აქვეა ნეკერჩხალი, რცხილა, წიფელი და მუხა. ივრის ზეგანზე გაბატონებულია უროიანი და ვაციწვერიანი სტეპები. ჯაგეკლიანებიდან მთავარია ძეძვი. ივრისპირას გვხვდება თელა, წნორი, ჭალის ვერხვი და სხვ. გომბორის ქედის მთისწინეთში არის მუხნარ-ჯაგრცხილნარი და ჯაგეკლიანი გომბორის ყველაზე მაღალ ადგილებში გაბატონებულია სუბალპური მდელოები.

         საგარეჯოს მუნიციპალიტეტის მთავარ ჰიდროგრაფიულ ქსელს ქმნის მდინარე იორი, რომელიც მუნიციპალიტეტის ტერიტორიას ორ ნაწილად ყოფს. მდინარე ივრიდან გამოყვანილია სამგორის ზემო მაგისტრალური არხი, რომლითაც არსებობს „თბილისის ზღვა“. მუნიციპალიტეტის ტერიტორიაზე გაედინება მდინარე ჩაილური (სიგრძე 30 კმ), რომელიც იწყება გომბორის ქედის სამხრეთ-დასავლეთ კალთაზე. აღსანიშნავია  მდინარე ლაფიანხევი, რომელსაც ღვარცოფული თვისებები გააჩნია. მუნიციპალიტეტის ტერიტორიაზე მიედინება ასევე მდინარე გომბორი (სიგრძე 12,4 კმ), რომელიც გომბორის მთებში იღებს სათავეს და გამოირჩევა სუფთა წყლითა და ლამაზი ნაპირებით. მუნიციპალიტეტში არის ტბებიც, მ.შ. გამოსარჩევია უჯარმასთან არსებული ტბების ჯგუფი, რომელიც მდიდარია თევზით და პოპულარულია მეთევზეებისათვის.